Além de substâncias nocivas, existem inúmeras bactérias e vírus no esgoto. Portanto, a desinfecção com cloro é amplamente utilizada para matar bactérias e vírus na água durante a fase de efluente de estações de tratamento de água encanada e esgoto.
No tratamento de água de resfriamento circulante industrial, o cloro também é utilizado para esterilizar e remover algas. No processo de resfriamento da circulação da água, devido à evaporação de parte da água, os nutrientes da água ficam concentrados, e bactérias e outros microorganismos se multiplicam em grandes quantidades e formam facilmente sujeira limosa. Muita sujeira limosa causará obstrução e corrosão do tubo.
A cloração geralmente envolve a injeção de cloro na água para matar bactérias e outros microorganismos, geralmente em cloro engarrafado.
Para manter o efeito bactericida, o cloro residual deve ser sempre mantido em {{0}},5 ~ 1mg/L na água descartada e no final da rede de abastecimento de água em 0 0,05 ~ 0,1mg/L.