O princípio de desinfecção do hipoclorito de sódio inclui principalmente três aspectos:
O ácido hipocloroso é formado por hidrólise, e o ácido hipocloroso se decompõe ainda mais para formar novo oxigênio ecológico. A forte propriedade oxidante do novo oxigênio ecológico desnatura substâncias como proteínas em bactérias e vírus, matando assim microrganismos patogênicos.
O ácido hipocloroso pode penetrar em bactérias (vírus) e reagir com polímeros orgânicos, como proteínas bacterianas (virais), ácidos nucleicos e enzimas, matando assim microrganismos patogênicos.
Os íons cloreto produzidos pelo ácido hipocloroso podem alterar significativamente a pressão osmótica de bactérias e vírus, fazendo com que suas células percam atividade e morram.